私が指定しているのは以下のファイルです。
・media-upload.php：画像ファイル等のアップロード
・async-upload.php：画像ファイル等のアップロード？要らないかも
・update.php：プラグインの自動アップグレード
・plugin-install.php：プラグインの新規インストール
・plugin-editor.php：プラグインの編集（これをしない場合はプラグインのパーミッションを変更する必要がある）
・update-core.php：WordPress 本体の自動アップグレード
・theme-editor.php：テーマの編集（これをしない場合はテーマファイルのパーミッションを変更する必要がある）
・plugins.php：プラグインの削除（WordPress2.8からダッシュボードからプラグインが削除できるようになったので）
・theme-install.php：テーマの新規インストール（WordPress2.8からダッシュボードからテーマがインストールできるようになったので）
・themes.php：テーマの削除（WordPress2.8からダッシュボードからテーマが削除できるようになったので）
尚、CGIモードに設定したファイルのパーミッションは、さくらインターネットのように実行権限を与える必要はありません。そのまま(644)でCGIモードで動作します。
こんな感じですね。これで普通に使えるようになると思います。